Cây phát sinh chủng loài dưới đây chỉ ra mối quan hệ được nhiều tác giả công nhận đối với các đơn vị phân loại của động vật miệng thứ sinh. Chứng cứ bộ gen phát sinh chủng loài gợi ý về mối quan hệ họ hàng gần của họ Torquaratoridae với họ Ptychoderidae trong lớp Enteropneusta. Cây này dựa theo các dữ liệu trình tự 16S +18S rRNA và các nghiên cứu bộ gen phát sinh chủng loài từ nhiều nguồn.[1] Các dữ liệu niên đại gần đúng cho sự phân tỏa thành nhánh mới được cung cấp theo triệu năm trước (Ma).[2]